Pada awalnya Lembaga Penjaminan Mutu adalah Unit Peningkatan Mutu Akademik (UPMA) STAIN Pekalongan yang berdiri pada tanggal 1 Januari 2005. Namun sejak diberlakukannya Statuta baru Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan, berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia No.176 Tahun 2008 tertanggal 31 Desember 2008, maka diganti dengan nama Pusat Penjaminan Mutu Pendidikan (PPMP). Selanjutnya, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 52 Tahun 2013 tentang Organisasi dan Tata Kerja (Ortaker) Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan berubah menjadi Pusat Penjaminan Mutu (P2M). Dan seiring beralihnya status STAIN menjadi IAIN maka P2M berubah menjadi LPM berdasar ortaker IAIN Pekalongan Nomor 47 tahun 2016.

Sebagai unsur penunjang teknis di bidang peningkatan mutu, LPM mempunyai tugas mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan pendidikan. LPM juga melaksanakan Evaluasi kegiatan akademik sesuai amanat statuta IAIN Pekalongan Evaluasi kegiatan akademik sebagaimana yang dimaksud dilakukan terhadap: 1). hasil belajar Mahasiswa untuk memantau proses, kemajuan, dan perbaikan hasil belajar secara berkesinambungan; dan 2). program pendidikan pada semua jenjang, untuk menilai pencapaian Standar Nasional Pendidikan Tinggi. Yang bertujuan untuk memenuhi dan/atau melampaui Standar Nasional Pendidikan Tinggi agar mampu mengembangkan mutu pendidikan yang berkelanjutan.

LPM adalah suatu lembaga resmi di bawah Rektor IAIN yang bertanggung jawab dalam penyelenggaraan sistem penjaminan mutu (khususnya akademik) di IAIN Pekalongan, guna mencapai indikator kinerja yang telah ditetapkan untuk kurun waktu tertentu. Sistem penjaminan mutu dilaksanakan secara berjenjang mulai dari tingkat IAIN, Fakutas, hingga Jurusan/Program Studi. Namun saat ini, LPM di IAIN Pekalongan baru ada pada tingkat Fakultas saja, belum ada perwakilan di tingkat jurusan/program studi. LPM mempunyai tugas melaksanakan, mengkoordinasikan, mengaudit, memantau, menilai, dan mengembangkan mutu akademik. LPM dipimpin oleh seorang Ketua dengan dibantu oleh Sekretaris, Kepala Pusat Pengembangan Standar Mutu, Kepala Pusat Audit dan Pengembangan Mutu dan KASUBAG TU seta beberapa orang Staf. Ketua LPM bertanggung jawab langsung kepada Rektor IAIN Pekalongan.

Ketua dan Sekretaris LPM diangkat dan diberhentikan oleh Rektor IAIN. Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsinya, LPM berwenang membentuk Gugus Mutu di setiap Fakultas. Gugus Mutu adalah kelompok atau tim dosen yang membantu LPM dalam melaksanakan kegiatan yang bersifat rutin ataupun khusus. Pemilihan anggota Gugus Mutu didasarkan atas pengetahuan, pengalaman, kepakaran dan komitmen individu yang bersangkutan, sesuai dengan keperluan penugasan.
Program kerja LPM diklasifikas menjadi dua jenis yaitu program rutin dan program khusus.

1. Program Rutin:

1. Menyelenggarakan dan mempersiapkan program sertifikasi dosen
2. Melakukan Konsorsium pembidangan keilmuan
3. Mengembangkan jurusan/program studi baru
4. Mengkoordinir evaluasi kurikulum jurusan/program studi
5. Mengkoordinir penyusunan silabus
6. Mengkoordinir Rencana Kerja dan Laporan Beban Kerja Dosen (RBKD/LBKD)
7. Mengkoordinir akriditasi program studi dan institusi
8. Melakukan Audit Mutu Internal Akademik Internal (AMAI)
9. Melakukan audt mutu unit kerja

2. Program Khusus

1. Menyelenggarakan pelatihan desain pembelajaran
2. Menjalin kerjasama mutu dengan lembaga penjaminan mutu eksternal
3. Meningkatkan mutu dosen dan tenaga kependidikan
4. Meningkatkan mutu kepemimpinan
5. Menyusun dokumen-dokumen mutu